Para procurar la administración eficiente y transparente de la vía interoceánica en sus múltiples actividades, el Canal de Panamá ejecuta permanentes programas de controles internos.
También es evaluado constantemente por auditores internos y externos, como el Fiscalizador General de la Junta Directiva y la Contraloría General de la República.
Adicionalmente, empresas internacionales calificadoras de riesgo y organismos multilaterales de crédito evalúan periódicamente su desempeño financiero y operativo.
Desde el año 2007, el Canal de Panamá se ha presentado a más de 80 comparecencias ante el pleno o comisiones de la Asamblea Nacional para sustentar su presupuesto, rendir cuentas sobre sus operaciones o sobre la construcción del Canal ampliado